비정기 세무조사의료기기 제조기업 비정기 세무조사 대응(17억 감액)

사건 개요

의료기기를 제조·판매하는 제조기업 E사는 국세청 비정기 세무조사를 받게 되었습니다.

해당 기업은 사업 확대 과정에서 다음과 같은 세무 이슈가 제기되었습니다.

• 연구개발비 세액공제 적용

• 판매 장려금 지급 처리

• 특수관계자 거래

세무조사 초기 단계에서 약 21억 원 규모의 세액 추징 가능성이 제기되었습니다.

주요 쟁점

이번 세무조사의 주요 쟁점은 다음과 같았습니다.

• 연구개발비 세액공제 인정 여부

• 판매 장려금의 비용 인정 여부

• 특수관계자 거래의 정상가격 여부

특히 연구개발비 세액공제 대상 여부와 관련된 비용 인정 범위가 과세 금액에 큰 영향을 미칠 수 있는 중요한 쟁점이었습니다.

세무법인 아성의 대응 전략

① 연구개발 활동 자료 정비

• 연구개발 프로젝트 관련 자료 정리

• 연구비 집행 내역 검토

② 판매 장려금 검토

• 거래 계약 구조 분석

• 비용 발생 근거 자료 확보

③ 특수관계자 거래 분석

• 거래 구조 검토

• 유사 거래 사례 비교 자료 제출

④ 조사 대응 및 의견 제출

• 조사관 질의에 대한 체계적인 대응

• 과세 논리에 대한 의견서 제출

조사 결과

초기 과세 예상액
약 21억 원

최종 확정 추징세액
약 4억 원

즉,

약 17억 원 규모의 세액이 감액되는 결과를 이끌어 냈습니다. 

시사점

의료기기 제조기업의 경우 다음 항목이 비정기 세무조사의 주요 쟁점이 될 수 있습니다.

• 연구개발비 세액공제

• 판매 장려금

• 특수관계자 거래

연구개발 중심 기업은 관련 자료 관리가 매우 중요합니다.

세무조사 대응은 전문가와 함께

세무법인 아성은 국세청 출신 전문가와 BIG4 회계법인 출신 전문가들이 함께 세무조사 대응을 수행하고 있습니다.

기업의 상황에 맞는 체계적인 세무조사 대응 전략을 통해 기업의 세무 리스크를 최소화합니다.

세무법인 아성

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국세청 출신 전문가가 직접 대응합니다.